La mosca Drosophila suzukii, autóctona de Asia, fue descrita por primera vez por Matsumura en 1931. Esta especie habita regiones de clima templado y ha sido declarada plaga de frutos de interés comercial, como la frutilla, arándanos, uvas y otros. D. suzukii ha invadido en las últimas décadas nuevas regiones geográficas, llegando a zonas de Europa, América del Norte y América del Sur, siendo detectada en nuestro país en enero 2014. Por su impacto en la producción frutícola nacional, su presencia en nuestro país ocasiona una alerta sanitaria en los productores frutícolas y autoridades del MGAP. Este proyecto investigó las relaciones filogenéticas de poblaciones de D. suzukii colectadas al norte y sur de Uruguay (entre 2014-2020), utilizando como marcador al gen mitocondrial coI, y reportando los primeros datos poblacionales para nuestro país. Pudimos confirmar la presencia de D. suzukii en la región sur del Uruguay a diciembre de 2020, tanto en frutos de origen exótico (frambuesa) como nativo (arazá). Tras los análisis filogenéticos observamos que de los 71 haplotipos de coI reportados a nivel mundial para D.suzukii, tres de ellos se corresponden con las secuencias de D. suzukii uruguayas detectadas en nuestro estudio. Sugerimos realizar futuras investigaciones que consideren otros marcadores moleculares que permitan evaluar distintas hipótesis de vías de ingreso de esta especie plaga en Uruguay.