La producción agrícola con uso intensivo de agroquímicos provoca efectos negativos sobre el ambiente y la salud. El control biológico surge como alternativa para el combate de fitopatógenos. Éste se basa en el uso de agentes biológicos que antagonizan patógenos mediante diversos mecanismos de acción. En Japón se desarrollaron los Microorganismos Eficientes (EM), un consorcio de microorganismos seleccionados, que presentan interacciones positivas entre ellos y han demostrado empíricamente actividad contra distintas fitopatologías. En Uruguay, es más reciente el desarrollo y utilización de los Microorganismos Eficientes Nativos (MEN). El objetivo de este trabajo es evaluar la actividad de los MEN como controladores biológicos de patógenos del cultivo de tomate. Para esto se evaluó in vitro la acción del consorcio sobre patógenos que atacan a esta planta. A partir del consorcio de MEN se obtuvieron aislamientos de bacterias que mostraron antagonismo contra Botryis cinerera y Pythium debaryanum (patógenos del cultivo de tomate) y se evaluaron los mecanismos de acción. Se amplificó la región del gen del ARNr 16S de las cepas aisladas para su posterior identificación por secuenciación. El consorcio de MEN demostró tener capacidad de antagonismo in vitro, con hasta un 40% de inhibición de crecimiento del patógeno y algunos de los aislamientos lograron inhibir hasta en un 80% su crecimiento respecto al control. Todas las cepas, a excepción de dos cepas de levaduras, mostraron producción de proteasas y biosurfactantes y algunas demostraron producir compuestos volátiles. Estos resultados indican que el MEN posee la capacidad de ser utilizado como agente de control biológico, aunque más estudios in vivo son necesarios.